“BakuBus” Məhdud Məsuliyyətli Cəmiyyəti Azərbaycan Respublikası Nazirlər Kabinetinin 03.04.2014-cü il tarixli, 92 nömrəli qərarı ilə Bakı Şəhər İcra Hakimiyyətinin tabeliyində dövlət müəssisəsi olaraq yaradılmışdır.
3 iyun 2015-ci il tarixdə Azərbaycan Respublikası Prezidenti cənab İlham Əliyevin iştirakı ilə müəssisənin açılışı olmuşdur.
Azərbaycan Respublikası Prezidentinin 06 iyul 2018-ci il tarixli, 181 nömrəli Fərmanına əsasən “BakuBus” MMC Bakı Nəqliyyat Agentliyinin tabeliyinə verilmişdir.
2020-ci ildən “BakuBus” MMC-də İSO 9001:2015, İSO 14001:2015 və 45001:2018 standartlarının tələbləri əsasında İnteqrasiya olunmuş menecment sistemi tətbiq edilmişdir.
Azərbaycan Respublikası Prezidentinin 12 fevral 2021-ci il tarixli, 2500 nömrəli Sərəncamı ilə “BakuBus” MMC Azərbaycan İnvestisiya Holdinqinin idarəetməsinə verilmişdir.
Azərbaycan Respublikası Prezidentinin 30 mart 2021-ci il tarixli, 2554 nömrəli Sərəncamı ilə Cəmiyyətin fəaliyyətinə ümumi rəhbərliyi və nəzarəti həyata keçirmək üçün Müşahidə Şurası yaradılmışdır.